Για την πλήρη επιστημονική τεκμηρίωση ζητημάτων που αφορούν τη θηραματική πολιτική και που περιλαμβάνουν τη διάρκεια κυνηγιού, τα είδη και τον αριθμό που θα κυνηγηθούν σε κάθε κυνηγετική περίοδο, τα μέτρα διαχείρισης του θηραματικού πλούτου, την δυναμική των πληθυσμών των θηρευσίμων ειδών, όπως επίσης και για την ενίσχυση των θηραματικών πληθυσμών και την προστασία των βιοτόπων τους, η ΚΣΕ υλοποιεί 4 μεγάλα μακρόχρονα προγράμματα, 3 από αυτά ερευνητικά: το πρόγραμμα «ΆΡΤΕΜΙΣ I» & «ΑΡΤΕΜΙΣ ΙΙ», τη «Η Φαινολογία της Μετανάστευσης», και 1 πρόγραμμα στοχευμένων φιλοθηραματικών δράσεων, τη «Βελτίωση Βιοτόπων». Επίσης ενισχύονται οικονομικά σημαντικές φιλοθηραματικές δράσεις των Κυνηγετικών Οργανώσεων.